Graniczny Inspektorat Weterynarii w Gdańsku jako jednostka budżetowa jest jednostką organizacyjną sektora finansów publicznych nieposiadającą osobowości prawnej. Pokrywa swoje wydatki bezpośrednio z budżetu, a pobrane dochody odprowadza na rachunek dochodów budżetu państwa.
Zgodnie z art. 12 ust. 1-3 ustawy z dnia 29 stycznia 2004 roku o Inspekcji Weterynaryjnej, (tekst jednolity: Dz. U. 2010 r. Nr 112 poz. 744) koszty działalności Inspekcji i wykonywania jej zadań pokrywane są z budżetu państwa.
Podstawą gospodarki finansowej Granicznego Inspektoratu Weterynarii w Gdańsku jest plan dochodów i wydatków.
Graniczny Inspektorat Weterynarii w Gdańsku jest dysponentem trzeciego stopnia części 32 – Rolnictwo, dział 010 – Rolnictwo i łowiectwo, rozdział: 01035 Graniczne Inspektoraty Weterynarii oraz rezerwy celowej w części 32 – Rolnictwo, dział 010 – Rolnictwo i łowiectwo, rozdział: 01022 – Zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt oraz badania monitoringowe pozostałości chemicznych i biologicznych w tkankach zwierząt i produktach pochodzenia zwierzęcego. Otrzymuje środki budżetowe od dysponenta nadrzędnego – Głównego Inspektoratu Weterynarii.